La célula integrada no es un origen de la vida separado, sino el punto final de una extensión continua y por etapas de la autoorganización molecular. Cada etapa resuelve un problema específico de información, catalítico o parasitario, mientras la selección darwiniana sigue operando a nivel molecular.

• Etapa 1 — Materia prima prebiótica: la síntesis prebiótica produce aminoácidos y polinucleótidos con abundancias no aleatorias; los sesgos composicionales, como la replicación rica en GC, restringen a los primeros replicadores.
• Etapa 2 — Cuasiespecies: la mutación y la selección generan poblaciones de cuasiespecies cuyo contenido de información estable está limitado por la fidelidad de la replicación y el umbral de error; q̄m, σm y vm predicen la pérdida o el mantenimiento de la información.
• Etapa 3 — Integración hipercíclica: los acoplamientos catalíticos, autocatalíticos e hipercíclicos enlazan a los replicadores en ciclos cooperativos con un crecimiento coherente; los parásitos, la carga de mutantes y el fallo de nucleación definen los límites de la organización hipercíclica.
• Etapa 4 — Traducción y codificación primordial: los adaptadores/mensajeros de ARN, los marcos sin comas, los primeros codones GGC/GCC y la transferencia de péptidos sin ribosomas extienden los hiperciclos a polipéptidos funcionales codificados.
• Etapa 5 — Compartimentación: los hiperciclos compartimentados y las protocélulas localizan la replicación y la traducción acopladas, suprimen la explotación parasitaria y crean unidades de selección de nivel superior bajo condiciones de contorno realistas.
• Etapa 6 — Unificación del genoma: múltiples replicadores hipercíclicos se consolidan en un genoma integrado; la corrección de errores del ADN, la recombinación y una mayor fidelidad desplazan el umbral de error y permiten células integradas más grandes.

Principio de continuidad: las transiciones no son orígenes separados, sino incrementos sucesivos en el cierre catalítico, la capacidad de información y la integración estructural; los modos de fallo como la catástrofe de error, la explotación parasitaria y el fallo de función conjunta marcan fronteras que las etapas posteriores deben superar.

Síntesis formal con la teoría de la selección: el análisis de puntos fijos y jacobianos, los ciclos límite, la bifurcación de Hopf y los regímenes de acoplamiento describen cuándo la integración es estable y cuándo colapsa. La mutagénesis del fago Qβ ilustra las distribuciones de mutantes y el umbral de error, y el juego de evolución de frases muestra cómo la fidelidad limita la información; la corrección de errores del ADN y la recombinación relajan posteriormente este límite, lo que ayuda a explicar cómo pudieron surgir genomas unificados a partir de hiperciclos anteriores de ARN/proteínas.