6
Siklus Katalitik, Autokatalisis, dan Templat
HYC-1979Lesson 1: Eigen, Schuster, Hypercycle
00:00

Teori hipercycle memisahkan tiga mode molekuler yang sering kali dicampuradukkan tetapi memiliki fungsi yang sangat berbeda: siklus katalitik sederhana, yang menghasilkan fluks; unit autokatalitik, yang menghasilkan amplifikasi diri; dan templat yang mereplikasi diri, yang menghasilkan salinan sekuens yang dapat diwariskan. Hipercycle memerlukan ketiga perilaku tersebut sekaligus, dan mencampuradukkannya menghasilkan klaim yang tidak dapat didukung oleh kimia β€” misalnya, memperlakukan katalis yang hanya mempercepat reaksi seolah-olah sudah mereproduksi dirinya sendiri.

Tiga mode molekuler: siklus katalitik, unit autokatalitik, templat yang mereplikasi diriSiklus katalitik sederhanaKatalis digunakan kembali, tidak direproduksiCkatalisSPkatalis C diregenerasi dan digunakan kembaliKeluaran penentu: fluksFluks tunak;katalis tidak direproduksiUnit autokatalitikProduk mengkatalisis pembentukannya sendiriPP mengkatalisis pembentukannya sendiriUmpan balik langsung (diri sendiri) atau kolektif (timbal balik)Keluaran penentu: amplifikasi diriUmpan balik terhadap produksi unit itu sendiri,sehingga unit dapat tumbuh secara eksponensialTemplat yang mereplikasi diriMenyalin informasi sekuensUntai parental (+)Untai komplementer (βˆ’)Salinan asli (+)templattemplatKeluaran penentu: penyalinan sekuensDiperlukan putaran keduauntuk menyalin aslinya

1. Siklus katalitik sederhana: fluks terkopel tanpa amplifikasi diri

Siklus katalitik menggunakan satu atau lebih katalis untuk mengubah substrat menjadi produk. Yang penting adalah apa yang tidak tidak dihasilkan oleh siklus: katalis itu sendiri. Katalis digunakan kembali tetapi tidak direproduksi sebagai produk yang diperlukan dari siklus, sehingga harus dipasok dari luar atau diregenerasi melalui proses lain. Siklus semacam ini dengan mudah membentuk fluks tunak dan jaringan reaksi terkopel, tetapi tidak secara intrinsik mengamplifikasi diri: jika katalis diencerkan atau terdegradasi, konsentrasinya menurun kecuali siklus terus diberi masukan. Perputaran enzim, dan ribozim yang mendorong konversi substrat tanpa diregenerasi oleh reaksi tersebut, keduanya adalah contoh mode ini.

2. Unit autokatalitik: umpan balik positif pada unit itu sendiri

Unit autokatalitik menghasilkan produk yang mengkatalisis pembentukannya sendiri, sehingga ciri penentunya adalah umpan balik positif terhadap produksi unit itu sendiri. Hal ini menghasilkan amplifikasi diri dan dapat mendukung pertumbuhan eksponensial selama prekursor masih tersedia. Autokatalisis dapat bersifat langsung, di mana molekul mengkatalisis sintesisnya sendiri, atau kolektif, di mana sekumpulan molekul saling mengkatalisis satu sama lain. Yang krusial, autokatalisis saja tidak menjamin penyalinan sekuens yang setia: suatu unit dapat teramplifikasi tanpa mewariskan sekuens yang terdefinisi, sehingga amplifikasi diri tidak sama dengan pewarisan.

3. Templat yang mereplikasi diri: menyalin informasi sekuens

Templat yang mereplikasi diri mengarahkan sintesis untai komplementer dengan menggunakan dirinya sendiri sebagai templat. Karena produk langsungnya adalah komplemen dan bukan salinan identik, regenerasi sekuens asli biasanya memerlukan putaran kedua di mana untai komplementer berperan sebagai templat. Replikasi templat karena itu secara mekanistik berbeda dari siklus katalitik: polimerisasi terarah templat menyalin informasi sekuens, siklus katalitik mengubah substrat, dan loop autokatalitik mengamplifikasi produk. Hanya mode templat yang membawa informasi yang panjangnya dibatasi oleh kesetiaan penyalinan dan ambang galat.

Mengapa pembedaan ini penting bagi hipercycle

Ketiga mode ini adalah blok pembangun organisasi hipercycle. Siklus katalitik menyediakan pengkopelan fungsional antar komponen; unit autokatalitik menyediakan pertumbuhan; templat menyediakan informasi yang dapat diwariskan yang harus tetap berada di bawah ambang galat. Aparatus translasi primitif tidak dapat dirakit hanya dari satu unit pendek yang mereplikasi diri β€” ia memerlukan integrasi pengkopelan, pertumbuhan, dan informasi, yang justru menjadi alasan hipercycle diusulkan sebagai unit pengorganisasian diri alami.

Peringatan batas

Dalam sistem molekuler nyata, kategori-kategori ini saling tumpang tindih: templat mungkin juga memiliki aktivitas katalitik, dan himpunan autokatalitik mungkin mencakup langkah-langkah terarah templat. Pembedaan ini bersifat analitis β€” cara untuk menetapkan kontribusi yang diberikan suatu langkah β€” bukan klaim tentang jenis alami yang saling eksklusif.

Miskonsepsi umum
Katalis yang mempercepat reaksi sering digambarkan sebagai mereproduksi dirinya sendiri. Sebenarnya tidak: dalam siklus katalitik sederhana, katalis digunakan kembali, bukan direproduksi. Simpan istilah reproduksi diri untuk unit autokatalitik, dan simpan istilah pewarisan untuk replikasi terarah templat.