Integrasi replikator molekuler yang bersaing menghadapi kendala mendasar: ambang kesalahan. Satu unit replikatif yang panjang—misalnya dihasilkan dengan menyambungkan beberapa gen menjadi satu genom—mengakumulasi terlalu banyak mutasi per siklus replikasi. Begitu laju mutasi melampaui ambang, sekuens master hilang dan informasi spesifik yang dikodekan dalam unit tersebut terdegradasi. Karena itu, integrasi tidak dapat dicapai hanya dengan membuat satu molekul yang lebih panjang; unit terintegrasi harus tetap dapat terseleksi terhadap distribusi mutannya sendiri.

Tiga jalur alternatif telah diusulkan untuk mengintegrasikan molekul-molekul yang bersaing tanpa melanggar hubungan ambang untuk .

• Kopling hipersiklik: gen-gen terhubung melalui siklus katalitik tertutup, sehingga replikasi setiap gen bergantung pada produk gen lainnya. Hal ini menciptakan unit seleksi pada tingkat hipersiklus, tetapi tetap rentan terhadap mutan parasit dan memerlukan penutupan katalitik.
• Kopling yang dimediasi translasi: gen mengodekan protein yang aktif secara fungsional (misalnya, replikase atau sintetase) yang mengkatalisis replikasi atau translasi. Hal ini memungkinkan pembagian kerja dan dapat mengintegrasikan lebih banyak informasi daripada satu genom RNA tunggal, tetapi memerlukan perangkat pengodean dan menghadapi kendala kesetiaan.
• Kompartmentalisasi: gen-gen yang bekerja sama dikurung dalam kompartemen bersama (sebuah protosel), sehingga seleksi bekerja pada kompartemen secara keseluruhan. Hal ini dapat menstabilkan integrasi dan membatasi eksploitasi parasit, tetapi menimbulkan pemeliharaan batas, efek stokastik, dan kendala replikasi yang terkoordinasi.

Jalur-jalur ini tidak saling eksklusif. Evolusi awal mungkin menggabungkan organisasi hipersiklik, translasi, dan kompartementalisasi untuk mencapai genom terintegrasi. Kendala umumnya adalah setiap jalur harus tetap berada dalam ambang kesalahan dan mengelola beban mutan: integrasi adalah masalah selektif, bukan sekadar asosiasi fisik.