競合する分子複製子の統合には、根本的な制約がつきまとう。すなわち誤り閾値（エラー・スレッシュホールド）である。複数の遺伝子を1つのゲノムに連結するなどして作られた単一の長い複製単位は、複製サイクルごとに蓄積する変異が多すぎる。変異率が閾値を超えるとマスター配列は失われ、その単位にコードされた特定の情報は劣化してしまう。したがって、統合は単に1つの長い分子を作ることでは達成できない。統合された単位は、自身の変異体分布に対して選択可能であり続けなければならない。

競合する分子を統合する際に、次に示す閾値関係に違反することなく実現するための3つの代替的な道筋が提唱されている。 。

• ハイパーサイクル的結合：遺伝子は閉じた触媒サイクルを通じて連結され、各遺伝子の複製は他の遺伝子の産物に依存する。これによりハイパーサイクルレベルでの選択単位が生まれるが、寄生変異体に対して脆弱であり、触媒的閉環が必要となる。
• 翻訳を介した結合：遺伝子は機能的に活性なタンパク質（例えば複製酵素や合成酵素）をコードし、それらが複製や翻訳を触媒する。これにより分業が可能となり、単一のRNAゲノムよりも多くの情報を統合できるが、コード装置を必要とし、忠実性の制約を受ける。
• 区画化：協調的な遺伝子が共通の区画（プロトセル）に封じ込められるため、選択は区画全体に作用する。これにより統合が安定化し、寄生体による搾取を抑制できるが、境界の維持、確率的效果、協調的な複製の制約が導入される。

これらの道筋は相互排他的ではない。初期の進化では、ハイパーサイクル的組織化、翻訳、区画化を組み合わせて統合ゲノムを獲得した可能性がある。共通の制約は、どの道筋であっても誤り閾値の範囲内にとどまり、変異体の負荷を管理しなければならないという点である。統合は単なる物理的結合ではなく、選択の問題なのである。