автокаталитический репликатор может начаться с одной копии матрицы: как только появляется одна молекула, она способна направлять собственный синтез и размножаться. гиперцикл устроен иначе. Это замкнутый цикл взаимозависимых репликаторов: каждый участник размножается или поддерживается за счёт каталитической активности другого участника, и замкнутость принципиально важна. Это порождает проблему нуклеации.

Поскольку гиперцикл требует присутствия и функциональной связи всех участников цикла, единственный мутантный ген — даже каталитически активный — не может образовать гиперцикл. Цикл остаётся разомкнутым. Изолированная репликация или катализ не создают сеть взаимных зависимостей, которая определяет гиперцикл.

Стохастические и комбинаторные барьеры

Нуклеация также требует достаточных начальных количеств всех участников цикла. В противном случае стохастические потери, разбавление и разложение устраняют компоненты прежде, чем замкнутый цикл сможет расти быстрее, чем распадаются его части. Поэтому переход от одиночного репликатора к гиперциклу имеет пороговый или кооперативный характер: частичные циклы и неполные наборы могут не проявлять гиперциклического роста.

Комбинаторика мутантов ещё больше затрудняет старт. Для последовательности длиной число k-ошибочных мутантов равно . Это даёт 100 одноошибочных мутантов, 4 950 двухошибочных мутантов, 161 700 трёхошибочных мутантов и так далее. Если гиперцикл должен собрать n совместимых участников, число возможных наборов приблизительно равно при . Таким образом, пространство поиска согласованного замкнутого набора огромно — гораздо больше, чем поиск одного благоприятного мутанта.

По этим причинам гиперцикл с большей вероятностью постепенно зарождается из богатого GC квазивида путём мутаций и отбора, чем собирается de novo из одной матрицы или одного мутантного гена.