Интеграция конкурирующих молекулярных репликаторов сталкивается с фундаментальным ограничением — порогом ошибок. Единая длинная репликативная единица — полученная, например, путём лигирования нескольких генов в один геном — накапливает слишком много мутаций за цикл репликации. Как только скорость мутирования превышает порог, мастер-последовательность утрачивается, а закодированная в этой единице специфическая информация деградирует. Следовательно, интеграции нельзя достичь простым созданием одной более длинной молекулы; интегрированная единица должна оставаться селектируемой по отношению к собственному распределению мутантов.

Предложены три альтернативных пути интеграции конкурирующих молекул без нарушения порогового соотношения для .

• Гиперциклическое сопряжение: гены связаны через замкнутый каталитический цикл, поэтому репликация каждого гена зависит от продуктов других генов. Это создаёт единицу отбора на уровне гиперцикла, но он остаётся уязвимым для паразитических мутантов и требует каталитического замыкания.
• Трансляционно-опосредованное сопряжение: гены кодируют функционально активные белки (например, репликазы или синтетазы), которые катализируют репликацию или трансляцию. Это позволяет разделить труд и интегрировать больше информации, чем одиночный РНК-геном, но требует кодирующего аппарата и сталкивается с ограничениями точности.
• Компартментализация: кооперативные гены заключены в общий компартмент (протоклетку), поэтому отбор действует на компартмент как целое. Это может стабилизировать интеграцию и ограничить эксплуатацию паразитами, но вводит поддержание границы, стохастические эффекты и ограничения согласованной репликации.

Эти пути не являются взаимоисключающими. Ранняя эволюция, вероятно, сочетала гиперциклическую организацию, трансляцию и компартментализацию для достижения интегрированных геномов. Общее ограничение состоит в том, что каждый путь должен оставаться в пределах порога ошибок и справляться с мутантной нагрузкой: интеграция — это селективная проблема, а не просто физическая ассоциация.