10
การสังเคราะห์: ขีดจำกัดข้อผิดพลาด รีพลิเคเตอร์ยุคแรก และขีดจำกัดของไฮเปอร์ไซเคิล
HYC-1979Lesson 3: Error Threshold and Early Replicative Units
00:00

ขีดจำกัดข้อผิดพลาด กำหนดปริมาณสารพันธุกรรมเสถียรสูงสุดที่รีพลิเคเตอร์ดั้งเดิมสามารถรักษาไว้ได้ ภายใต้ความแม่นยำในการจำลองแบบและความได้เปรียบในการคัดเลือกที่กำหนด สำหรับความยาวลำดับ ν และความเหนือกว่าในการคัดเลือก σ การรักษาให้เสถียรต้องเป็นไปตามเงื่อนไข หรือเทียบเท่าคือ μ ≲ ln σ / ν โดยที่ q คือความแม่นยำในการคัดลอกต่อเบส และ μ คืออัตราการกลายพันธุ์ต่อเบส หากเกินเงื่อนไขนี้ แรงกดดันจากการกลายพันธุ์จะเอาชนะการคัดเลือก และลำดับพันธุ์ป่า (wild-type) จะเสื่อมสลายกลายเป็นกลุ่มเมฆของ mutants

การสังเคราะห์: ขีดจำกัดข้อผิดพลาดและขีดจำกัดของไฮเปอร์ไซเคิลความแม่นยำกำหนดขีดจำกัด · การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่ขยายขีดจำกัดนั้น · การรวมเป็นหนึ่งเดียว超越了ขีดจำกัดนั้นขีดจำกัดข้อผิดพลาดความแม่นยำในการคัดลอก q · ความได้เปรียบในการคัดเลือก σ · ความยาว νqν σ > 1 ⇔ μ ≲ ln σ / νหลักฐานเชิงประจักษ์การก่อกลายพันธุ์ของฟาจ Qβการพิสูจน์อักษร/ซ่อมแซม DNAรีพลิเคเตอร์ยุคแรกสั้น คล้าย tRNAการเชื่อมโยงเชิงหน้าที่องค์กรแบบไฮเปอร์ไซเคิลการเชื่อมโยงเชิงหน้าที่แบบวัฏจักรการคัดเลือกโดยรวมปรสิต · ความไม่เสถียร · การเกิดนิวเคลียสการเปลี่ยนผ่านสู่การรวมเป็นหนึ่งเดียวการจำลองแบบที่ควบคู่กับการแปลรหัสการแบ่งเป็นช่อง/โปรโตเซลล์จีนมเชิงโครงสร้างการทดสอบเชิงประจักษ์ข้อจำกัดขั้นกลางที่จำเป็นขีดจำกัด/การเปลี่ยนผ่าน

เกมวิวัฒนาการประโยค

เกมวิวัฒนาการประโยคอธิบายข้อจำกัดเดียวกันด้วยตัวแปรสามตัว: q̄m (ความแม่นยำในการคัดลอก), σm (ความได้เปรียบในการคัดเลือก) และ vm (ความยาวลำดับ) ตัวแปรทั้งสามร่วมกันทำนายว่าลำดับที่มีความหมายจะถูกรักษาไว้หรือสูญหายไป การเพิ่ม vm โดยไม่ปรับปรุง q̄m หรือ σm จะผลักดันระบบให้ก้าวข้ามขีดจำกัดข้อผิดพลาด ดังนั้นข้อมูลเสถียรจึงอยู่รอดได้เฉพาะเมื่อความแม่นยำ การคัดเลือก และความยาวมีความสมดุลร่วมกันเท่านั้น

หลักฐานเชิงประจักษ์: ฟาจ Qβ และการพิสูจน์อักษร DNA

การทดลองก่อกลายพันธุ์ของฟาจ Qβ ให้หลักฐานเชิงประจักษ์: เมื่อภาระการกลายพันธุ์เพิ่มขึ้น การกระจายของ mutants จะกว้างขึ้น และความเด่นของพันธุ์ป่าจะเสื่อมถอยลง แสดงให้เห็นถึงการเข้าใกล้ขีดจำกัดข้อผิดพลาด ในทางตรงกันข้าม การพิสูจน์อักษรและซ่อมแซม DNA ช่วยลดอัตราการกลายพันธุ์ที่มีประสิทธิผล μ ซึ่งเลื่อนขอบเขตและทำให้จีนมขนาดใหญ่ที่เสถียรเป็นไปได้ ดังนั้น RNA รีพลิเคเตอร์จึงมีแนวโน้มเข้าใกล้ขีดจำกัดข้อผิดพลาด ในขณะที่สิ่งมีชีวิตที่มีการพิสูจน์อักษรสามารถรักษาข้อมูลได้มากกว่า

รีพลิเคเตอร์ยุคแรกและการเชื่อมโยงเชิงหน้าที่

หน่วยรีพลิเคชันยุคแรกน่าจะยังคงสั้นและคล้าย tRNA ความแม่นยำของพวกมันจำกัดทั้งความสามารถในการเข้ารหัสและความสามารถในการเร่งปฏิกิริยา จึงไม่สามารถบรรทุกจีนมขนาดใหญ่ได้ แทนที่จะเชื่อมต่อกันด้วยพันธะโควาเลนต์ พวกมันถูกเชื่อมโยงด้วยการเชื่อมโยงเชิงหน้าที่หรือเชิงตัวเร่งปฏิกิริยา: รีพลิเคเตอร์แต่ละตัวสนับสนุนการจำลองแบบหรือกิจกรรมของตัวอื่น ก่อตัวเป็นเครือข่ายความร่วมมือมากกว่าโครโมโซมที่รวมเป็นหนึ่งเดียว

องค์กรแบบไฮเปอร์ไซเคิล: ขั้นกลางที่จำเป็น

องค์กรแบบไฮเปอร์ไซเคิลเชื่อมโยงรีพลิเคเตอร์เป็นวัฏจักร ทำให้เกิดการคัดเลือกโดยรวม การรวมฟังก์ชันเพิ่มเติม และเส้นทางสู่การแปลรหัส ดังนั้นจึงเป็นขั้นกลางที่จำเป็นภายใต้ความแม่นยำต่ำ อย่างไรก็ตาม ไฮเปอร์ไซเคิลมีขีดจำกัด: พวกมันเสี่ยงต่อการถูกปรสิตหรือ mutant ที่เห็นแก่ตัวฉวยประโยชน์ ต้องพึ่งพาโครงสร้างเชิงพื้นที่หรือการแบ่งเป็นช่อง ประสบปัญหาความเสถียรและการเกิดนิวเคลียส อาจแสดงพลวัตแบบแกว่งหรือวัฏจักรจำกัด และไม่สามารถรวมยีนทั้งหมดในเชิงโครงสร้างได้

เหนือกว่าไฮเปอร์ไซเคิล: การแปลรหัส การแบ่งเป็นช่อง และจีนมเชิงโครงสร้าง

การปรับปรุงที่เหนือกว่าไฮเปอร์ไซเคิลเกี่ยวข้องกับการจำลองแบบที่ควบคู่กับการแปลรหัส การแบ่งเป็นช่องหรือโปรโตเซลล์ และการรวมเชิงโครงสร้างเป็นจีนมที่เป็นหนึ่งเดียว การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ทำให้การถ่ายทอดทางพันธุกรรมสอดคล้องกับหน่วยที่รวมเป็นหนึ่งเดียวทั้งหมด ทำให้การคัดเลือกกระทำต่อยีนทั้งชุดแทนที่จะเป็นรีพลิเคเตอร์ที่เชื่อมโยงกันอย่างหลวม ๆ

การสังเคราะห์
ขีดจำกัดข้อผิดพลาดกำหนดข้อกำหนดด้านความแม่นยำ ไฮเปอร์ไซเคิลให้กลยุทธ์การเชื่อมโยงเชิงหน้าที่ภายใต้ความแม่นยำต่ำ ขีดจำกัดของพวกมันเป็นแรงจูงใจให้เกิดการเปลี่ยนผ่านสู่การแปลรหัสและองค์กรระดับเซลล์ที่รวมเป็นหนึ่งเดียว