2
ภาระการกลายพันธุ์และข้อโต้แย้งเพื่อการจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิล
HYC-1979Lesson 9: Have, Translation, Will
00:00

จีโนมที่มีความยาว n เผชิญกับอัตราความผิดพลาดมากกว่าหนึ่งระดับ ภายใต้ความแม่นยำในการจำลองแบบที่จำกัด ทุกชุดค่าผสมที่เป็นไปได้ของตำแหน่งที่คัดลอกผิดจะสร้างมิวแทนต์ที่แตกต่างกันออกไป หากมี k ตำแหน่งที่ผิดพลาดพอดี จำนวนมิวแทนต์แบบผิดพลาด k ตำแหน่งที่เป็นไปได้คือ Nₖ = C(n, k) สำหรับจีโนมขนาด 100 ตัวอักษร จำนวนนับได้แก่ 100 มิวแทนต์แบบผิดพลาดหนึ่งตำแหน่ง, 4,950 มิวแทนต์แบบผิดพลาดสองตำแหน่ง และ 161,700 มิวแทนต์แบบผิดพลาดสามตำแหน่ง ดังนั้นภาระการกลายพันธุ์จึงไม่ได้เพิ่มขึ้นแบบเชิงเส้น แต่เพิ่มขึ้นแบบเชิงผลรวม (combinatorial) ตามค่า k

ภาระการกลายพันธุ์เชิงผลรวมสำหรับจีโนมขนาด 100 ตัวอักษรความสูงของแท่งใช้มาตรฐานลอการิทึม จำนวนนับเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วเมื่อ k เพิ่มขึ้นจำนวนมิวแทนต์จำแนกตามจำนวนข้อผิดพลาด kNₖ = C(100, k)1101001,00010,000100,000จำนวนมิวแทนต์ (มาตรฐานลอการิทึม)1004,950161,700k = 1k = 2k = 3การจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิลยีนที่สั้นกว่าซึ่งเชื่อมโยงกันเป็นวงจรการเชื่อมโยงแบบวงจรg₁g₂g₃g₄ยีนที่สั้นกว่า → ตัวแปรแบบผิดพลาด k ตำแหน่งน้อยลงการคัดเลือกเกิดขึ้นกับไฮเปอร์ไซเคิลทั้งหมดการจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิล: ยีนที่สั้นกว่าช่วยลดภาระการกลายพันธุ์ต่อหน่วย การเชื่อมโยงแบบวงจรช่วยผสานหน้าที่การทำงานของยีนเหล่านั้นเข้าด้วยกันจีโนมเดียวที่เติบโตอย่างต่อเนื่องจะต้องกดตัวแปรที่เกิดขึ้นทั้งหมดจากชุดค่าผสมเชิงผลรวมเอาไว้

เหตุใดจีโนมเดียวที่กำลังเติบโตจึงมีความเปราะบาง

จีโนมที่เติบโตอย่างต่อเนื่องจะต้องรักษาลำดับหลัก (master sequence) ไว้พร้อมกับกดการเพิ่มขึ้นอย่างระเบิดของลำดับทางเลือกที่อยู่ใกล้เคียง เมื่อ n เพิ่มขึ้น จำนวนมิวแทนต์แบบผิดพลาด k ตำแหน่งที่เป็นไปได้สำหรับค่า k น้อย ๆ จะเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว แม้อัตราความผิดพลาดต่อตำแหน่งจะยังต่ำ ชุดตัวแปรที่เสียหายทั้งหมดก็กลายเป็นข้อจำกัดสำคัญ นั่นคือ การคัดเลือกจะต้องป้องกันไม่ให้ตัวแปรทั้งหมดจากชุดค่าผสมเชิงผลรวมเข้ามาแทนที่ลำดับที่ยังทำงานได้

การจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิลในฐานะกลยุทธ์ด้านข้อมูล

การจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิลเสนอทางเลือกอีกแนวทางหนึ่ง นั่นคือ กระจายภาระด้านข้อมูลไปยังยีนที่สั้นกว่าซึ่งเป็นมิวแทนต์เดี่ยว และผสานยีนเหล่านั้นเข้าด้วยกันผ่านการเชื่อมโยงเชิงตัวเร่งปฏิกิริยาแบบวงจร หน่วยที่สั้นกว่าช่วยลดภาระการกลายพันธุ์ต่อหน่วย เนื่องจากแต่ละยีนมีตำแหน่งน้อยกว่า จึงมีตัวแปรแบบผิดพลาด k ตำแหน่งที่เป็นไปได้น้อยลง จากนั้นการเชื่อมโยงแบบวงจรช่วยให้การคัดเลือกเกิดขึ้นกับไฮเปอร์ไซเคิลในฐานะหน่วยระดับสูงกว่า แทนที่จะเกิดกับจีโนมยาวเพียงหนึ่งเดียว ดังนั้นข้อโต้แย้งเพื่อการจัดระเบียบแบบไฮเปอร์ไซเคิลจึงไม่ใช่เพียงเรื่องตัวเร่งปฏิกิริยาเท่านั้น แต่ยังเป็นเรื่องข้อมูลด้วย เพราะมันจัดระเบียบความหลากหลายจากการกลายพันธุ์ในระดับที่สูงขึ้น

สำหรับยีน n ยีนและมิวแทนต์แบบผิดพลาด k ตำแหน่งที่มีอยู่ Nₖ จำนวน จำนวนวิธีในการกระจายมิวแทนต์ไปยังยีนต่าง ๆ มีค่าประมาณ (Nₖ + n − 1 เลือก n) ≈ Nₖⁿ / n! เมื่อ n ≪ Nₖ ซึ่งแสดงให้เห็นว่าประชากรของหน่วยที่สั้นกว่าสามารถจัดการความหลากหลายที่อาจ overwhelm จีโนมเดียวที่เติบโตอย่างต่อเนื่องได้อย่างไร

ขอบเขต
จำนวนนับที่ใช้ในที่นี้คือค่าทางผลรวม (combinatorial) ตามมาตรฐาน Nₖ = C(100, k) จีโนมขนาด 100 ตัวอักษรเป็นเพียงตัวอย่างที่แสดงการระเบิดของภาระการกลายพันธุ์ ไม่ได้เป็นข้อกล่าวอ้างเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตสมัยใหม่ชนิดใดชนิดหนึ่งโดยเฉพาะ