超循环理论区分了三种常被混为一谈、但作用迥异的分子模式： 简单催化循环，它们产生的是 通量； 自催化单元，它们产生的是 自我放大；以及 自复制模板，它们产生的是 可遗传的序列拷贝。超循环需要三种行为同时存在，而将它们混淆会导致化学无法支持的论断——例如，把仅仅加速反应的催化剂当作已经在自我复制。

1. 简单催化循环：无自我放大的偶联通量

催化循环利用一种或多种催化剂将底物转化为产物。关键在于该循环 不 输出什么：催化剂本身。催化剂被重复使用，但并非作为该循环的必需产物被复制，因此必须从外部供给，或通过其他过程再生。这类循环能轻易建立稳态通量和偶联反应网络，但本质上并不自我放大：若催化剂被稀释或降解，除非循环持续获得供给，其浓度就会下降。酶的周转，以及催化底物转化却未被该反应再生的核酶，都属于这一模式的例子。

2. 自催化单元：对单元自身的正反馈

自催化单元产生的产物会催化其自身的生成，因此其决定性特征是对单元自身生产的正反馈。这带来自我放大，并能在前体充足时支持指数式增长。自催化可以是 直接的，即分子催化其自身的合成；也可以是 集体的，即一组分子相互催化。至关重要的是，仅凭自催化并不能保证忠实的序列复制：单元可以在不传递特定序列的情况下放大，因此自我放大并不等同于遗传。

3. 自复制模板：复制序列信息

自复制模板以自身为模板，指导互补链的合成。由于直接产物是互补链而非完全相同的拷贝，要再生原始序列通常需要第二轮反应，由互补链充当模板。因此，模板复制在机制上不同于催化循环：模板指导的聚合复制序列信息，催化循环转化底物，而自催化回路放大产物。只有模板模式所携带的信息，其长度受到复制保真度和错误阈值的限制。

为何这一区分对超循环至关重要

这三种模式是超循环组织的基石。催化循环提供组分之间的功能偶联；自催化单元提供增长；模板提供必须保持在错误阈值以下的可遗传信息。原始翻译装置无法仅凭一个短小的自复制单元组装而成——它需要偶联、增长与信息的整合，这正是超循环被提出作为自然自组织单元的原因。

边界警示

在真实的分子系统中，这些类别存在重叠：模板也可能具有催化活性，自催化集合也可能包含模板指导的步骤。这一区分是分析性的——用于判定某一步骤作出何种贡献——并非关于互斥自然类别的断言。