此前关于复制保真度的每一项限制，如今都成为整合的限制。由于单个自我复制单元只能稳定维持有限的信息量，因此将相互竞争的分子并入 一个长的融合复制单元 并非可行的途径。连接会增加序列长度，突变负荷随长度上升，所得单元被推过错误阈值；vₘₐₓ 的阈值关系使如此长的单元无法维持。因此，整合若要发生，就必须在 不进行 共价融合的情况下实现。

连接为何行不通

将若干复制子连接成一个分子会产生一条更长的序列，其每一个位置都必须被准确复制。序列越长，每次复制所携带的突变负荷越大；一旦长度超出复制保真度所能支持的范围，该单元便落入稳定信息维持区域之外。这与限制任何单个自我复制单元的屏障相同，如今应用于融合基因组：vₘₐₓ 的阈值关系排除了连接所会造成的超长单元。

功能耦合：无需融合的整合

另一种选择是让各单元保持独立，并将它们 在功能上 而非共价地结合。每个复制单元仍可独立复制，但它们产生的催化产物彼此作用，因此每一个的复制都因其他单元的存在而增强。于是，整合表现为一个催化网络或循环，而非单个融合基因组：

• 无需连接 ——序列保持短小，因而处于稳定信息维持的范围内。
• 共享催化产物 ——一个单元的产物充当另一个单元复制的催化剂，从而形成相互依赖。
• 非共价整合 ——这种联系是催化的、动态的，而非序列之间新的化学键。

催化循环：最简单的例子

考虑两个复制子 A 和 B。A 的催化产物增强 B 的复制，B 的催化产物增强 A 的复制。A 和 B 从未被连接成一个基因组，但它们共享的催化产物将它们耦合为一个整合的功能单元。由于每个单元仍各自复制，该循环并不继承融合 A–B 基因组所会承担的序列长度代价。

耦合整体作为选择单位

一旦单元以这种方式耦合，选择所检验的就不再是一条单独的长序列，而是整个耦合整体。这就带来一项额外要求：整合后的系统必须相对于自身突变体保持竞争力。若出现放弃合作、独自复制更快的突变亚单元，它们便会扩散，耦合安排将失去其特定信息。因此，只有当整体胜过其突变体时，功能整合才能持续——而这种竞争力正是耦合系统得以进一步演化的原因。