竞争性分子复制因子的整合面临一个根本性约束：误差阈值。一个单一的长复制单元——例如通过将若干基因连接成一个基因组而产生——在每个复制周期中会积累过多突变。一旦突变率超过阈值，主序列就会丢失，该单元所编码的特定信息也随之退化。因此，整合不能仅通过制造一个更长的分子来实现；整合单元必须能够在其自身的突变体分布中保持可选择性。

为了在不违反以下阈值关系的前提下整合竞争性分子，人们提出了三条替代路径，该阈值关系针对 。

• 超循环耦合：基因通过一个闭合的催化循环相互连接，因此每个基因的复制都依赖于其他基因的产物。这在超循环层面形成了选择单元，但它仍然容易受到寄生突变体的影响，并且需要催化闭合。
• 翻译介导的耦合：基因编码具有功能活性的蛋白质（例如复制酶或合成酶），这些蛋白质催化复制或翻译。这允许分工，并且能够整合比单个 RNA 基因组更多的信息，但它需要一套编码装置，并面临保真度约束。
• 区室化：协作性基因被包裹在一个共同的区室（原细胞）中，因此选择作用于整个区室。这可以稳定整合并限制寄生物利用，但它引入了边界维持、随机效应以及协调复制的约束。

这些路径并非相互排斥。早期演化可能结合了超循环组织、翻译和区室化，以实现整合基因组。共同的约束是，每条路径都必须保持在误差阈值之内并管理突变负载：整合是一个选择性问题，而不仅仅是物理上的结合。