超循環理論 提出三大核心論題，共同闡明分子複製如何與達爾文式天擇相整合。這三大論題依序從天擇的分子前提，推進到達爾文式動態的必要條件，再到連結自我複製單元的高階組織。

論題 1 — 明確界定的分子基礎

天擇與演化並非任意物質形式的普遍屬性，而是特定且可明確界定的物理化學性質所造成的結果。根據此論題，唯有當系統的組成分子具備具體的動力學、熱力學與結構特徵，足以容許差異性複製時，該系統才能被稱為經歷天擇。僅訴諸 物質 或 自組織 等抽象概念並不足夠；必須指認出機制。

論題 2 — 達爾文式天擇的必要條件

達爾文式天擇需要三種以分子形式體現的能力： 自我複製、 突變，以及 遺傳的物理基礎。自我複製提供譜系連續性；突變提供變異；而物理遺傳機制則確保改變後的分子結構能傳遞給後代。三者缺一，一個過程雖可能隨時間變化，卻不構成達爾文式天擇。

論題 3 — 超循環組織

超循環理論提出一種自我複製單元的自組織、催化性與功能性整合。正是這種高階組織將分子複製連結到達爾文式天擇與自然自組織。孤立的複製子受到有限複製保真度與錯誤閾值的限制；超循環組織提供了一條途徑，讓數個複製實體得以被保留並耦合，使集體能維持並演化出比單一單元更多的資訊。

相互依存與限制

這三大論題彼此相互依存。論題 2 明確指出天擇的分子必要條件，而論題 3 則探討這些單元如何能超越孤立複製子而被組織起來。複製保真度與錯誤閾值作為連結各論題的限制條件：它們決定單一複製單元能維持多少資訊，因而促成了整合的必要性。每個論題都必須被賦予具體的分子或物理化學機制；僅訴諸 自組織 或 物質 並不能滿足此理論。