先前對複製保真度的每一項限制，如今都成為對整合的限制。由於單一自我複製單元只能穩定維持有限量的資訊，將具競爭性的分子併入 一個長的融合複製單元 並非可行的途徑。連接會增加序列長度，突變負荷隨之上升，所產生的單元因而被推越錯誤閾值；vₘₐₓ 的閾值關係使如此長的單元無法維持。因此，整合若要發生，就必須 在不進行 共價融合的情況下達成。

連接為何行不通

將數個複製子連接成一個分子，會產生一個較長的序列，且每個位置都必須被準確複製。序列越長，每次複製所承載的突變負荷就越大；一旦長度超出複製保真度所能支撐的範圍，該單元便落在穩定資訊維持的範圍之外。這與限制任何單一自我複製單元的障礙相同，如今套用於融合基因組上：vₘₐₓ 的閾值關係排除了連接所會產生的超長單元。

功能性耦合：無需融合的整合

替代做法是讓各單元保持獨立，並以 功能性方式 而非共價方式加以連結。每個複製單元仍可各自複製，但它們所產生的催化產物會彼此作用，因此每個單元的複製都會因其他單元的存在而增強。整合因此呈現為一個催化網絡或循環，而非單一融合基因組：

• 無需連接 ——序列保持簡短，因此仍處於穩定資訊維持的範圍內。
• 共享催化產物 ——某一單元的產物充當另一單元複製的催化劑，造就相互依賴。
• 非共價整合 ——此連結是催化性且動態的，並非序列之間的新化學鍵。

以催化循環作為最簡單的例子

設想兩個複製子 A 與 B。A 的催化產物增強 B 的複製，而 B 的催化產物增強 A 的複製。A 與 B 從未被連接成一個基因組，但它們共享的催化產物卻將兩者耦合為一個整合的功能單元。由於每個單元仍各自進行複製，此循環不會繼承融合的 A–B 基因組所會背負的長度懲罰。

以耦合整體作為選擇單位

一旦單元以這種方式耦合，選擇便不再檢驗單一長序列，而是檢驗整個耦合整體。這就產生了一項額外要求：整合系統必須相對於其自身的突變體保持競爭力。若出現放棄合作、自行複製更快的突變子單元，它們將會擴散，而此耦合安排將失去其特定資訊。因此，功能性整合唯有在整體勝過其突變體時才能持續——而這種競爭力正是讓耦合系統得以進一步演化的關鍵。