當早期複製子逼近錯誤閾值時，一類新的分子隨之出現，能將 RNA 編碼的資訊與催化功能連結起來： 短鏈、低特異性的胜肽。這些最早具功能活性的蛋白質並非現代具摺疊結構的酵素。它們由有限的前生命氨基酸字母表所構成，僅依靠少數主鏈與側鏈基團形成一個雛形的催化口袋。

是什麼讓它們具備功能活性？

• 結構簡單：早期蛋白質可能由短胜肽或小型蛋白質組成，僅使用有限的氨基酸種類。其催化活性來自少數主鏈與側鏈基團，共同構成一個原始的口袋。
• 被選擇的角色：它們可能的功能是透過催化合成反應來支持複製——例如核苷酸活化、聚合作用或胜肽鍵形成——並回饋至複製循環。
• 催化閉環：在超循環或與轉譯耦合的系統中，某一成員所編碼的產物可以增強其他成員的合成或複製，將 RNA 資訊與蛋白質催化連結起來。
• 過渡型催化劑：低保真度的轉譯與複製限制了胜肽長度與催化的精確度。在更佳的校對與轉譯機制演化出來之前，只有低特異性的原初酵素能被維持。這些蛋白質代表了從 RNA 催化邁向蛋白質催化的過渡——而非現代具摺疊結構酵素的突然出現。