在原始編碼中，每個三聯體內部鹼基的模式決定了訊息能否在單一閱讀框中無歧義地讀取。目前已提出兩種替代模式： RRY 與 RNY。其中， R 代表嘌呤（A 或 G）， Y 代表嘧啶（C 或 U），而 N 代表任意鹼基。RRY 模式要求第一與第二位置為嘌呤、第三位置為嘧啶（R-R-Y）。RNY 模式則要求第一位置為嘌呤、中間位置為任意鹼基、第三位置為嘧啶（R-N-Y）。因此，RNY 的範圍更廣，並包含 RRY 作為其子集，因為中間位置可以是嘌呤或嘧啶。

無逗號讀取

若要讓三聯體密碼具備無逗號特性，只有正確的閱讀框才能產生有效的密碼子。在串聯的 RNY 密碼子序列中，將閱讀框位移一或兩個鹼基都會破壞所需的模式。舉例來說，若正確的閱讀框以位置 1 的 R 開始、以位置 3 的 Y 結束，則 +1 位移會從原本的鹼基 2 開始、並以下一組密碼子的鹼基 1 結束，因此第三位置將不再被限制為 Y。同樣地，+2 位移也會失敗。RNY 中間的「任意」鹼基無法挽救位移後的閱讀框，因為第三位置仍必須是 Y。至於 RRY，固定的中間嘌呤帶來了進一步的限制：位移後的閱讀框會要求第二位置為嘌呤、第三位置為嘧啶，而這並無法保證。

正股／負股對稱性

RNY 密碼子的反向互補序列同樣是 RNY，因為 R 與 Y 配對、N 與 N 配對。這意味著若正股帶有連貫的 RNY 訊息，則以反向互補方式合成的負股也帶有連貫的 RNY 訊息。相對地，RRY 的反向互補序列是 RYY，而非 RRY。因此，RRY 正股並不代表負股也是 RRY 編碼；負股會具有不同的模式，且不會被讀取為 RRY。

內部摺疊與讀取之間的權衡

RNA 二級結構取決於自我互補性。由於 RNY 具有反向互補對稱性，摺疊或雙股化的區域在兩股上皆可維持類 RNY 模式。這便在摺疊（可穩定結構）與讀取（需要單股且可及的閱讀框）之間形成競爭。RRY 的不對稱性使互補股不具 RRY 特性，因而縮減了可保留可讀密碼子的摺疊結構範圍。因此，RNY 或可讓兩股皆作為訊息，但代價是增加了摺疊干擾；而 RRY 則將編碼限制於單一股，並可能減少摺疊競爭。

範例

以 RNY 密碼子 5′-AAC-3′ 為例。其反向互補序列為 5′-GUU-3′，仍符合 R-N-Y：G 為嘌呤（R）、U 為嘧啶（Y）、U 為嘧啶（Y）。接著以 RRY 密碼子 5′-AGC-3′ 為例。其反向互補序列為 5′-GCU-3′，符合 R-Y-Y（， ， ），而非 R-R-Y。