競爭性分子複製子的整合面臨一項根本限制：誤差閾值。單一長複製單元——例如將數個基因接合為一個基因組而產生——在每個複製週期中累積過多突變。一旦突變率超過閾值，主序列便會喪失，該單元所編碼的特定資訊也隨之退化。因此，整合不能僅靠製造一個更長的分子來達成；整合後的單元必須能相對於其自身的突變體分布維持可選擇性。

目前已提出三種替代途徑，可在不違反下列閾值關係的前提下整合競爭性分子： 。

• 超循環耦合：基因透過封閉的催化循環彼此連結，因此每個基因的複製都依賴於其他基因的產物。這在超循環層級上形成了選擇單位，但它仍易受寄生突變體影響，並需要催化閉環。
• 轉譯媒介耦合：基因編碼具功能活性的蛋白質（例如複製酶或合成酶），以催化複製或轉譯。這允許分工，且能整合比單一 RNA 基因組更多的資訊，但它需要編碼機制，並面臨保真度限制。
• 區隔化：合作性基因被封閉於共同區室（原生細胞）中，因此選擇作用於整個區室。這可穩定整合並限制寄生者的剝削，但它引入了邊界維持、隨機效應以及協調複製的限制。

這些途徑並非互斥。早期演化可能結合了超循環組織、轉譯與區隔化，以達成整合的基因組。共同的限制在於每種途徑都必須維持在誤差閾值之內並管理突變負荷：整合是一個選擇性問題，而不僅是物理上的結合。