區室化是早期生命演化中的關鍵轉折：它將功能上相互耦合的超循環——一組彼此催化自身複製的自複製分子——轉變為 原生細胞，一個可作為整體被選汰的膜結合單位。在囊泡內部，超循環動力學持續運作：每個複製子催化下一個複製子的複製，形成一個相互依賴的閉合循環。然而，邊界引入了新的組織層級。它使催化劑及其產物保持在近距離內，確保催化效益與產生它們的複製子保持關聯。這種空間限制防止有益分子從其來源擴散出去，並減少寄生子循環在不貢獻於集體的情況下利用系統的機會。

選擇現在作用於 區室層級。展現更高集體複製速率、更強內部穩定性與更有效率分裂的囊泡，會勝過效率較低或藏有寄生元件的囊泡。原生細胞的適應度取決於湧現性狀：其組件之間催化耦合的強度、對寄生子循環的抗性、分裂時組件分配的保真度，以及其生長與分裂的速率。重要的是，區室的生長與分裂必須與其分子組成成分的內部複製相耦合；若分裂隨機發生或與複製脫鉤，有利的超循環可能被稀釋或流失。

因此，區室化解決了超循環組織的一項根本限制：透過讓合作網絡以整合整體的形式競爭，它為複雜性的演化提供了機制。然而，存活性受到物理現實的制約：跨膜營養吸收、膜通透性、溫度與複製保真度皆構成邊界條件。這些限制與內部動力學之間的相互作用，決定了哪些原生細胞能夠存活並增殖。

範例：囊泡之間的選擇

設想兩個囊泡，各含有不同的超循環網絡。囊泡 A 具有高效的催化耦合並快速分裂，而囊泡 B 含有寄生子循環，會耗損資源或無法妥善分配必要組件。在接連多輪的生長與分裂後，囊泡 A 的族群相對囊泡 B 增加。被選汰的性狀是原生細胞的集體內部網絡——而非任何單一分子——這表明選擇作用於整合的區室。