整合細胞並非獨立於生命起源之外的另一開端，而是分子自組織持續、分階段延伸的終點。每一個階段都解決特定的資訊、催化或寄生問題，而達爾文式選擇在分子層面上持續運作。

• 階段 1 — 前生命原料： 前生命合成產生具有非隨機豐度的胺基酸與多核苷酸；諸如富含 GC 的複製等組成偏差，限制了最早的複製子。
• 階段 2 — 準物種： 突變與選擇產生準物種族群，其穩定資訊含量受複製保真度與錯誤閾值所限制；q̄m、σm 與 vm 可預測資訊的流失或維持。
• 階段 3 — 超循環整合： 催化、自催化與超循環耦合將複製子連結成具一致性生長的合作循環；寄生者、突變負荷與成核失敗界定了超循環組織的極限。
• 階段 4 — 轉譯與原始編碼： RNA 接頭／信使、無逗號框架、早期 GGC/GCC 密碼子以及無核醣體的胜肽轉移，將超循環延伸至可編碼的功能性多肽。
• 階段 5 — 區室化： 區室化的超循環與原生細胞將耦合的複製與轉譯侷限於局部、抑制寄生剝削，並在現實邊界條件下創造出更高層次的選擇單位。
• 階段 6 — 基因組統一： 多個超循環複製子被整合為單一整合基因組；DNA 校對、重組與提升的保真度改變了錯誤閾值，並允許更大的整合細胞出現。

連續性原理： 這些轉變並非各自獨立的起源，而是催化閉合、資訊容量與結構整合的逐步提升；錯誤災變、寄生剝削與聯合功能失效等失敗模式，標誌著後續階段必須跨越的邊界。

結合選擇理論的形式化綜合： 不動點與雅可比分析、極限環、Hopf 分岔與耦合機制，描述了整合何時穩定、何時崩解。Qβ 噬菌體誘變說明了突變體分布與錯誤閾值，而句子演化賽局則顯示保真度如何限制資訊；DNA 校對與重組隨後放寬了此一限制，有助於解釋統一基因組如何從較早的 RNA／蛋白質超循環中產生。